Przy zakupie frezarki cnc oczywiście wyposażyć musimy się też w narzędzia do obróbki skrawaniem – bez nich nasza nowa maszyna będzie jedynie bardzo drogim meblem. Samo posiadanie narzędzi nie pozwala jeszcze obrabiarce pracować – oprawki rozdzielone od trzpieni zaciągowych, frezy nie wsadzone w tulejki, narzędzia w kartonach i nieuzupełnione parametry narzędzia w sterowniku skutecznie uniemożliwią pracę.
W wypadku frezarki cnc z tzw. stożkiem ISO (nazywanym też SK/BT/CT), który jest najbardziej popularnym systemem w naszym kraju, wszystkie narzędzia do obróbki skrawaniem muszą posiadać na końcu oprawki tzw. trzpień zaciągowy wkręcany w gwint, z którego niegdyś korzystały obrabiarki konwencjonalne do zaciągu tzw. drawbarem. Mimo kompatybilności samych oprawek należy pamiętać, że każdy producent frezarki cnc korzysta zwykle z nieco innego grzybka (a ci niepoważni nawet z kilku standardów zależnie od wersji swojej frezarki cnc) przez co decydując się na narzędzia do obróbki skrawaniem powinniśmy wybrać dystrybutora, który zna frezarki cnc do których narzędzia dobiera, a najlepiej zarówno frezarki cnc jak i narzędzia do obróbki skrawaniem kupić w jednej firmie. Przykładem dużej firmy posiadającej w swojej ofercie zarówno frezarki cnc jak i narzędzia do obróbki skrawaniem (ale też chłodziwa, oprogramowanie i wiele innych) jest Abplanalp.
Wygodnie jest też, gdy nasze frezarki cnc posiadają w standardzie imadło, na którym możemy skręcić narzędzia do obróbki skrawaniem – dzięki temu możemy szybko i wygodnie połączyć oprawki typu ER (najpopularniejszy system montażu narzędzi na świecie) z tulejką i samym narzędziem, bez odchodzenia od maszyny i szukania innego miejsca na montaż. Zwykle też uzbrajamy więcej niż jedno narzędzie, więc wygodne są tutaj frezarki cnc, które posiadają zewnętrzne uchwyty na narzędzia. Dzięki temu skręcone i gotowe do użycia narzędzia do obróbki skrawaniem nie leżą na stole, gdzie mogą się uszkodzić, spaść, lub obić. Warto też wybrać frezarki cnc posiadające z przodu węże z pistoletami powietrznym i z chłodziwem – resztki wiórów w używanej oprawce skutecznie utrudnią montaż, wprowadzając dodatkowe bicie narzędzia, sprężone powietrze poradzi sobie z nimi w trymiga. Dodajmy do tego frezarki cnc, które posiadają przy wspomnianym imadle, uchwytach czy pistoletach dodatkowe półki i – najlepiej zamykany – schowek a uzyskamy przepis na sukces – wszystkie te ergonomiczne dodatki składają się na produkt, który obsługuje się wygodnie, szybko i „aż chce się pracować” – takie frezarki cnc produkuje amerykański lider CNC – firma Haas.